La enseñanza de las Ciencias se orientó a inculcar buenos comportamientos en niños y niñas coherentemente con los principios de orden moral y social que pregonaban las autoridades republicanas. Su estudio asociaba el aprendizaje de los "cuerpos naturales" a la conservación del orden social.
La reforma de 1893 priorizó un aprendizaje práctico basado en la observación y experimentación para lo cual se incorporaron muestrarios, instrumental de laboratorio y láminas escolares. Estas últimas se clasifican en:
- Ilustraciones de las familias del reino vegetal y sus principales representantes chilenas y extranjeras. También la presentación de sus partes, como tallo, raíces y hojas.
- Imágenes de la anatomía y biología del reino animal, y nociones generales de paleontología y geografía animal.
- Figuras referidas a la anatomía y partes del cuerpo humano.
En aquellos casos en que los colegios no tuviesen a su disposición este material didáctico, se recomendaba a profesores y profesoras apoyarse en ejemplares vegetales y animales conocidos en la localidad.
La enseñanza de las Ciencias estaba ligada a la Higiene. Esta última se recomendaba de forma especial en la instrucción primaria pues era: "el mejor medio de propagar en las clases populares las ventajas del aseo, el ejercicio físico, la moderación en las funciones del individuo, etc., para la conservación de la salud i bienestar de la familia" (Programa de Instrucción Primaria, 1901: 246).
Su estudio se impartía desde el tercer año de la escuela primaria y también se relacionaba con la enseñanza de la Historia y la Geografía, especialmente en lo referente al origen geográfico de los seres humanos y animales.
En la instrucción secundaria, se profundizaban los conocimientos adquiridos con anterioridad y se agregaba el estudio de las áreas de física y química. En estas clases, alumnos y alumnas debían aprender las propiedades de los objetos estudiados a partir de demostraciones y experimentos.
