Afianzar la asistencia escolar requirió mejorar el bienestar físico de estudiantes, lo que incluyó atención médica y dental, enseñanza de higiene y organización de colonias escolares.
Eloísa Díaz como inspectora médica escolar de Santiago desde 1898, denunció la mala salud de niños y niñas pobres como una de las razones del ausentismo. Impulsó la creación del servicio médico dental en las escuelas, implementó policlínicos para las personas de menores recursos y promovió las colonias escolares gratuitas.
En 1911, Díaz asumió como directora del Servicio Médico Escolar de Chile y gestionó el desayuno escolar obligatorio, la vacunación masiva, la lucha contra el alcoholismo y la enseñanza de la higiene.
Para orientar el desarrollo integral de los educandos, en 1928 se creó el Instituto de Salud Escolar, el que contaba con dos secciones:
- Sección Pedagógica: encargada de capacitar al magisterio, enfermeras y visitadoras en salud e higiene escolar, y a la confección de cursos deportivos para profesores.
- Sección de Higiene Escolar: facultada para hacer inspecciones médicas a los escolares.
La salud contempló también la recreación y la actividad deportiva. Un rol importante jugaron las colonias escolares, práctica docente que buscaba fortalecer la enseñanza y estado físico de los estudiantes a través de la visita de lugares fuera de la escuela.
El 11 de enero de 1905 el pedagogo Domingo Villalobos realizó la primera colonia en Constitución. La experiencia fue replicada rápidamente en otras escuelas.
En 1915 se hizo una salida a la cordillera en San José de Maipo, iniciativa que buscaba ayudar a niñas con problemas pulmonares. La actividad fue apoyada por la Liga contra la Tuberculosis.
En las colonias, niños y niñas recibían raciones diarias de alimentación, realizaban actividades recreativas e interactuaban con el entorno natural.
El 9 de noviembre de 1910 el educador Manuel Guzmán fundó la Sociedad de Colonias Escolares "Domingo Villalobos", que continuó esta labor.