La enseñanza de la Religión fomentaba valores y virtudes sociales como el esfuerzo, el orden, el trabajo, el respeto, la disciplina y la obediencia, por lo que cumplía un rol fundamental en la formación del alumnado.
El ramo gozó de una atención preferente, ya que el Estado en el siglo XIX aún no tenía un carácter laico. La Constitución de 1925 oficializó la separación entre la Iglesia y el Estado, pero la clase de Religión fue obligatoria gran parte del siglo XX.
El programa de Instrucción Primaria de 1936 declaraba que esta asignatura entregaba las herramientas necesarias para el perfeccionamiento intelectual y moral de los y las estudiantes:
"Ninguna enseñanza es tan gradual, tan progresiva, tan concéntrica como la de la Religión. Ese mismo núcleo inicial, que vulgarmente se denomina del rezo, crece y se desenvuelve hasta convertirse en la más vasta y elevada teología" (Programa de Instrucción Primaria, 1936: 20).
Debido al marcado clericalismo de la enseñanza, el grueso de la colección de láminas del Museo es de imágenes religiosas. Temáticamente se agrupan en:
- Episodios de paisajes bíblicos del Nuevo Testamento.
- Imágenes de catecismo o doctrina católica.
- Representaciones de historia eclesiástica y litúrgica.
- Ilustraciones y escritos de oraciones y rezos.
En la instrucción primaria, el catecismo era central. El objetivo de la clase era presentar la vida de Jesús con caracteres gráficos y animados para "avivar la imaginación de los niños", cautivar sus sentimientos y moldear su "voluntad a obrar conforme a estos preceptos" (Programa de Instrucción Primaria, 1901).
En la educación secundaria, las clases se diferenciaban de acuerdo al género de sus estudiantes.
En las escuelas de hombres se agregaba la educación altruista y nacional, que buscaba fomentar en ellos los valores que debía cultivar todo buen ciudadano.
En los colegios femeninos, la clase promovía labores propias del hogar y la vida familiar. Así, se fortalecían sus roles de madre, esposa y dueña de casa.
